Рафаэль Санти родился 6 апреля 1483 года в семье придворного поэта и живописца урбинских герцогов Джованни Санти.
Джованни Санти был первым учителем Рафаэля и с раннего детства смог привить мальчику вкус к прекрасному, познакомить его с миром современного искусства. Благодаря связям отца, Рафаэль сблизился с сыном Федериго да Монтефельтро, Гвидобальдо. В течение всей жизни он пользовался дружеской поддержкой и покровительством его жены, Елизаветы Гонзаго.
В 1491 году Рафаэль потерял мать, а через три года, в 1494 году, умер отец. Одиннадцатилетний мальчик остался сиротой на попечении дяди фра Бартоломео, который не столько заботился о судьбе племянника, сколько бесконечно судился с мачехой Рафаэля Бернардиной. Судя по переписке Рафаэля, душевное тепло и родственную близость он находил в общении с другим своим дядей, братом матери, Симоном Чиарла.
После смерти отца, примерно в течение пяти лет мальчик учился в мастерской придворного живописца урбинских герцогов Тимотео Вити.
В 1500 году Рафаэль прибыл в Перуджу, где поступил в мастерскую Перуджино, в те годы ведущего представителя умбрийской школы. Ранний период творчества Рафаэля справедливо называют "перуджиновским" и отмечают сильную зависимость молодого художника от учителя.
Примерно между 1503 и 1504 годами по заказу семейства Альбиццини Рафаэль написал для церкви Сан-Франческо в небольшом городке Читта ди Кастелло алтарный образ "Обручение Марии" - произведение, которое достойно завершило ранний период его творчества.
В 1503 году Перуджино перебрался со своей мастерской во Флоренцию, куда следом за ним осенью 1504 года приехал Рафаэль.
За четыре года (не считая поездок то в Перуджу, то в Урбино) пребывания во Флоренции Рафаэль создал знаменитые картины мадонн.
В 1507 году он ненадолго вернулся в Урбино. А в 1508 году Рафаэль был приглашен папой Юлием II в Рим для росписи парадных апартаментов в старом Ватиканском дворце.
Первая постройка Рафаэля относится к 1514 году. Сначала он создал маленькую церковь Сант-Элиджо дельи Орефичи (начата в 1509 году). Она представляет в плане греческий крест с очень короткими ветвями и перекрыта легким сферическим куполом с барабаном на парусах.
После смерти Браманте в 1514 году Лев Х назначил Рафаэля главным архитектором на строительстве нового собора Св. Петра, в качестве комиссара древностей он занимался охраной и переписью памятников древнего Рима.
С 1506 по 1514 год строительство собора Св. Петра было в руках Браманте, который, однако, успел лишь частично вывести центральные устои и поднаружные арки храма.
Непосредственный последователь Браманте, Рафаэль возвращается к традиционной форме плана церковных сооружений в виде латинского креста. Он задумывает купольную постройку с тремя одинаковыми абсидами, четвертая сторона которой развита в сильно вытянутую трехнефную базилику. Но Рафаэль также не успел завершить свой замысел.
У Рафаэля сложилась своя школа в Риме, где происходило совершенствование мастерства художников. Рафаэль жил в Риме, как князь, в окружении учеников и поклонников. Его мастерская - это сложная и весьма активная организация, в которой опытные помощники разной специализации разрабатывали, исполняли, претворяли в жизнь замыслы учителя. В письмах Бембо и Биббиены Рафаэль предстает как деятельный организатор, художник, находящийся в неустанном поиске, человек с неиссякаемым любопытством к познанию.
О частной жизни Рафаэля известно немного, гораздо больше легенд. Еще при жизни вокруг личности художника возник ореол славы и всеобщего поклонения. Уже Вазари, жизнеописание которого положило начало многим последующим легендам о Рафаэле, видел в нем и в его образе жизни идеал художника-придворного, одаренного, живущего в роскоши и богатстве человека, который умеет вести себя в обществе, поддерживать ученую беседу, обладает приятной наружностью и утонченными манерами, окружен любовью и всеобщим почитанием.
Судьба благоприятствовала Рафаэлю: в Риме он нашел сильных и могущественных покровителей. Поклонником его таланта был Юлий II. После смерти Юлия II Рафаэль выполнял заказы Льва Х, ставшего папой в 1513 году. Рафаэль умер неожиданно, после недолгой болезни, в день своего рождения - 6 апреля 1520 года. Многими его смерть была воспринята как смерть искусства - настолько велика была слава художника и всеобщим было его почитание. Согласно завещанию, Рафаэля похоронили в Пантеоне, среди великих людей Италии.